“COVID-19”科研动态监测服务
中国科学院武汉文献情报中心和中国科学院文献情报中心共同组成生物安全情报团队，构建了“COVID-19”科研动态监测平台，持续对国内外“COVID-19”重要科研动态开展监测，旨在通过提供最新科研论文线索、摘译科研论文主要内容、整理国内外重要机构的研究成果，为我国的科研攻关和相关科学研究提供参考。 ? “COVID-19”科研动态监测平台： http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/openhome.htm?serverId=172 ? “COVID-19”科研快报下载： http://stm.las.ac.cn/STMonitor/qbwnew/cyjb.htm?parentPageId=1580803621111&serverId=172
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“‘COVID-19’科研动态监测每日快报”由中国科学院武汉文献情报中心和中国科学院文献情报中心合作推出。该项服务旨在通过提供最新科研论文线索、摘译科研论文主要内容，为我国的科研攻关和相关科学研究提供参考。工作团队保持中立立场，无倾向性意见，所摘译内容主要用于说明科研论文本身，努力客观真实反映原文情况，起到供使用者参考的目的。工作团队摘译了某篇科研论文，并不代表工作团队认可这篇科研论文；工作团队不对科研论文中所述内容的有效性或准确性负责。由于所摘编内容都有具体的文献来源，请使用者通过文献来源线索获取具体的原始文献，并自行甄别和使用。工作团队希望进一步强调，本团队所摘译形成的文字内容不应被视为相关科研论文的全部，不应拿来作为临床医学和健康管理指导，也不应被当作既定事实在新闻媒体上报道。由于水平所限，所摘编内容不免会有疏漏，还请各位使用者谅解。
病毒检测 信息名称 Nature发文称世界各地研究人员寻求新的诊断方法以抗击COVID-19大流行 1 时间： 2020年3月23日 2 信息来源： Nature 3 事件概要： Nature发表通讯文章“Coronavirus tests: researchers chase new diagnostics to fight the pandemic”，调查了病毒诊断测试是如何工作的，为什么世界各地的测试方法各不相同，以及正在开发的基于CRISPR的测试以抗击COVID-19。 测试内容方面，目前，大多数COVID-19的测试都是使用称为逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）的分子生物学主力工具，对来自鼻咽拭子的病毒遗传物质进行的。该测试通过扩增病毒中的特定基因序列来起作用。被称为引物的短互补序列有助于开始复制。但是PCR只能检测人体内存在的病毒。它并没有透露有关已解决的感染的太多信息。如果实验室中的试剂被污染，有时也会产生假阳性结果。全球实验室已针对SARS-CoV-2定制了PCR测试，使用针对该病毒基因序列不同部分的不同引物。 文章提到对大流行反应迅速的国家/地区，几个国家/地区已经能够测试大量人员。1月下旬韩国出现第一例病例后，韩国迅速而有效地作出了反应，部署了快速检测和监测与检测呈阳性的人有接触的人的组合措施。在中国出现冠状病毒时，新加坡也进行了检测，很早就批准了医院实验室使用其他已批准的PCR测试，前提是他们必须与国家实验室一起验证其首批结果，他们还将测试重点放在最基本的病例上，例如肺炎患者或其他方式的高危人群。新加坡卫生部表示，自从SARS以来，新加坡一直在准备和加强整个系统，这不是因为COVID-19而创建的。 文章也提到反应缓慢的国家/地区：卫生专家抨击美国对大流行病反应迟缓，特别是检测的可用性和速度较差，专家说这使该病毒得以不被发现传播，并通过要求采取严格的社会隔离措施加以遏制。美国卫生官员承认这种差距。在3月12日的国会听证会上，美国国家过敏与传染病研究所所长Anthony Fauci提到，该国测试人员的能力“失败”，并解释说，美国没有按照目前需要的速度进行测试。由于联邦响应行动的滞后，西雅图华盛顿大学的病毒学研究实验室成为美国第一个主要的检测平台。现在，数十个其他实验室和研究联盟也纷纷效仿。 血清学检查方面，一个很大的目标是开发一种血清学测试，该测试可以通过寻找人体为对抗病毒而产生的抗体来检测病毒感染情况。这样的测试可以显示病毒在社区中的传播程度，并提供有用的公共卫生信息。 文章提到其他的测试方法仍有创新的空间，利用基于CRISPR的基因编辑技术来改善测试，在华盛顿大学医学院，病毒学家Keith Jerome的团队正在验证和优化由麻省理工学院布罗德研究所（Broad Institute of MIT）和哈佛大学剑桥分校（Harvard）的CRISPR先驱Feng Zhang联合开发的SHERLOCK测试。Feng Zhang提到其已经向世界各地的十几个实验室发送了约1600套试剂盒。位于加利福尼亚州南旧金山的生物技术公司Mammoth Biosciences正在验证一种名为DETECTR的基于CRISPR的冠状病毒检测方法。该技术利用CRISPR识别特定基因序列并切割它们的能力。在这个过程中，它还会剪切一个添加到反应中的“报告分子”，从而相对快速地揭示出病毒遗传物质的存在。加州大学旧金山分校的传染病医师Charles Chiu提到该技术的关键优势在于CRISPR反应具有特异的特异性，可以在5-10分钟内完成。 4 附件： 原文链接： https://www.nature.com/articles/d41586-020-00827-6 信息名称 全球推出多种快速、便携的测试方法以遏制COVID-19大流行 1 时间： 2020年3月23日 2 机构或团队： Nature Biotechnology 3 事件概要： 3月23日，Nature Biotechnology发表了题为“Fast, portable tests come online to curb coronavirus pandemic”的新闻。 COVID-19在世界各地的迅速传播暴露了大多数国家在应对新的病原体方面的能力上的重大差距。 新加坡、中国台湾地区和中国香港地区在遏制SARS-CoV-2方面取得了良好的进展，这表明通过大规模的防疫准备，可以对疫情的暴发作出有效的反应。尽管靠近中国大陆，这三个地区的病例数和死亡人数仍保持在较低水平。然而，在世界其他地方，大多数国家对病毒的袭击完全没有准备。尽管公共卫生当局采取了严厉的措施和隔离策略，但在验证、实施和分发SARS-CoV-2诊断检测以及建立分散式即时检验（POC）方面却措手不及。 迄今为止，对SARS-CoV-2的一线响应手段一直是PCR检测，但存在缺点。 PCR是诊断感染性病原体的金标准，它的优点是只要知道病毒序列，就可以相对快速地产生检测所需的引物。然而，测试过程复杂且昂贵，主要适用于大型集中型诊断实验室。测试通常需要4-6小时才能完成，运送临床样本的情况则会最多延长为24小时。尽管有这些缺点，多重RT-PCR，即同时检测多个目标序列，仍然是检测的主要方法，特别是在集中实验室。罗氏、赛默飞、Qiagen和Quest Diagnostics等大型供应商正在通过推出自动化的SARS-CoV-2检测系统和服务，提高此类检测方法的适用能力。 为了加速临床决策和减轻集中测试实验室的工作量，还需要进行POC测试。 上个月在日内瓦召开的世卫组织专家组会议确定，用于社区一级的快速POC测试是八项优先研究项目中的第一项。创新新诊断基金会（FIND）公司已收到220份提交材料并正在评估中，将在本月底前联系合格的制造商。FIND还编制了一份SARS-CoV-2诊断开发者名单，主要是开发基于PCR的核酸检测试验或免疫分析的公司。 免疫分析方法成为非常有潜力的检测方法 然而，PCR和免疫分析技术都不是理想的方法。如上所述，PCR检测高度准确，可以快速发展，但它们使用复杂，结果产生缓慢。免疫分析的准确性较低，开发时间较长，但它们易于使用，并在20-60分钟内提供结果。即便如此，免疫分析的速度和多功能性使它们成为非常有潜力的检测方法，大规模的相关生产活动也开始加速。例如，中国台湾地区台北中央研究院基因组学研究中心研究人员开发了一种抗SARS-CoV-2核衣壳（N）蛋白的单克隆抗体，这种抗体可以用于开发快速抗原检测的方法。该团队使用了人工智能的抗体-抗原相互作用模型来生成人工抗体库，所以仅用了19天就完成了这一过程。柏林Pharmact公司也已经开始进行一项免疫分析研究，其中包含三种SARS-CoV-2抗原：N蛋白和S蛋白的S1和S2结构域。该公司计划在4月份将生产规模扩大到100万台。 CRISPR技术的需求迫切 当然，PCR毕竟是建立在几十年的科学基础上的。美国Mammoth Biosciences公司和Sherlock Biosciences公司，分别是由CRISPR的先驱者Jennifer Doudna和张峰创立的，两家公司将通过利用CRISPR-Cas编辑的特异性和敏感性来开发快速的POC SARS-CoV-2测试，实现真正的POC测试速度。Sherlock Biosciences公司已与美国Cepheid公司结成联盟，开发基于CRISPR的一系列传染病检测，包括COVID-19，将运行在Cepheid公司的GeneXpert自动分子诊断系统上。 最后，鉴于目前疫情发展轨迹的不确定性，目前尚不清楚CRISPR技术是否会对追踪SARS-CoV-2进展的全球努力作出重大贡献。但对这种技术的需求似乎很迫切。 4 附件： 原文链接： https://www.nature.com/articles/d41587-020-00010-2 疾病诊断 信息名称 北京协和医学院等分析早期体液反应以诊断COVID-19 1 时间： 2020年3月21日 中国医学科学院北京协和医学院、首都医科大学附属北京地坛医院、耶鲁大学医学院 3月21日，Clinical Infectious Diseases期刊在线发表了来自中国医学科学院北京协和医学院、首都医科大学附属北京地坛医院、耶鲁大学医学院研究团队的题为“Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19)”的文章。 该文章旨在描述针对SARS-CoV-2产生的各种抗体的时间动力学，并评估抗体测试诊断COVID-19的潜力。该文章的方法如下：通过基于重组病毒核衣壳蛋白的ELISA分析，检查了针对SARS-CoV-2的宿主体液应答，包括IgA，IgM和IgG应答。从确诊的82例和58例疑似病例中收集了208份血浆样品（qPCR阴性，但有典型表现），评估了IgM的诊断价值。 该文章报道的研究结果如下：IgM和IgA抗体检测的中位时间为5天（IQR 3-6），而症状发作后14天（IQR 10-18）则检测到IgG，阳性率分别为85.4％，92.7％和77.9％。在确诊和疑似病例中，IgM抗体的阳性率分别为75.6％和93.1％。症状发作5.5天后，IgM ELISA的检测效率高于qPCR方法。将IgM ELISA检测与PCR结合使用时，每位患者的阳性检出率显着提高（98.6％），而单次qPCR检测阳性检出率则为51.9％。 该文章认为，对SARS-CoV-2的体液反应可以帮助诊断COVID-19，包括亚临床病例。 原文链接： https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa310/5810754?searchresult=1 2020年3月23日 北京清华长庚医院、清华大学精密仪器系精密测试技术及仪器国家重点实验室、武汉大学中南医院等 北京清华长庚医院等于2020年3月23日在medRxiv上发表题为“AI-assisted CT imaging analysis for COVID-19 screening: Building and deploying a medical AI system in four weeks”的文章，介绍了研究人员在构建和部署可自动分析CT图像以检测COVID-19肺炎特征的AI系统方面的经验。 文章指出，研究人员使用5家医院的1,136个训练案例（723例COVID-19阳性病例），能够在包括多种肺病在内的测试数据中实现0.974的敏感性和0.922的特异性。此外，该系统可自动突出显示所有病变区域，以便更快地进行检查。作者指出，研究人员已经在16家医院部署了该系统，每天执行1300多次筛查。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 原文链接： https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.19.20039354v1 药物研发 2020年3月20日 复旦大学上海医学院、复旦大学附属上海浦东医院、上海交通大学附属第六人民医院 3月20日，Journal of Antimicrobial Chemotherapy期刊在线发表了来自复旦大学上海医学院、复旦大学附属上海浦东医院、上海交通大学附属第六人民医院研究团队的题为“COVID-19: a recommendation to examine the effect of hydroxychloroquine in preventing infection and progression”的文章。 该文章指出，COVID-19患者从最初的症状到急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的转变很可能是由于细胞因子风暴所致。氯喹（CQ）可能有抑制作用。但是，临床使用CQ可能会导致严重的副作用。该文章指出，羟基氯喹（HCQ）表现出与CQ高度相似的抗病毒作用，该文章建议HCQ可以作为一种更好的治疗方法。该文章指出，HCQ可能会减弱COVID-19的恶化进程，并通过抑制T细胞活性来抑制细胞因子风暴；它具有更安全的临床特征，适合怀孕的人；它在中国更便宜且更容易获得。该文章指出，强烈建议进行临床试验以评估HCQ在疾病感染和进展中的预防作用。 原文链接： https://academic.oup.com/jac/advance-article/doi/10.1093/jac/dkaa114/5810487?searchresult=1 信息名称 洛匹那韦/利托那韦或阿比多尔治疗轻度/中度COVID-19住院成年患者的疗效和安全性的随机对照研究 1 时间： 2020年3月23日 2 机构或团队： 广州市第八人民医院 3 事件概要： 广州市第八人民医院的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“An exploratory randomized, controlled study on the efficacy and safety of lopinavir/ritonavir or arbidol treating adult patients hospitalized with mild/moderate COVID-19 (ELACOI)”，介绍了洛匹那韦/利托那韦或阿比多尔治疗轻度/中度COVID-19住院成年患者的疗效和安全性的随机对照研究。 文章指出，其研究（NCT04252885）被称为ELACOI，是一项探索性随机研究（2：2：1），并且是一项对照研究，探讨洛匹那韦/利托那韦（LPV/r）或阿比多尔单药治疗轻度/中度COVID-19的疗效和安全性。研究结果显示，该研究成功纳入44例轻度/中度COVID-19患者，其中21例随机分配接受LPV/r，16例接受阿比多尔治疗，7例不接受抗病毒药物治疗。三组的基线特征具有可比性。LPV/r组中SARS-CoV-2核酸阳性转为阴性的中位时间是8.5天（IQR 3，13），阿比多尔组是7天（IQR 3，10.5），而对照组是4天（IQR 3，10.5）天（P = 0.751）。LPV/r组（42.9％，76.2％）、阿比多尔组（62.5％，87.5％）和对照组（71.4％，71.4％）的SARS-CoV-2核酸在第7天和第14天阳性转阴率没有显示显著差异。三组之间的退烧率、咳嗽缓解率、胸部CT改善率或临床状况恶化率均无统计学差异。总体而言，LPV/r组中有5名（23.8％）患者在随访期间发生了不良事件[1]。在阿比多尔或对照组中没有发生明显的不良事件。文章得出结论：LPV/r或阿比多尔单一疗法似乎对改善轻度/中度COVID-19的临床疗效无济于事，LPV/r可能导致更多不良事件。由于样本量较小的限制，将来需要进一步验证。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 4 附件： 原文链接： https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.19.20038984v1 [1]该研究定义的潜在不良事件：（1）过敏反应；（2）ALT或AST升高至正常上限的2.5倍以上或TBIL升高至正常上限的1.5倍以上；（3）急性胰腺炎；（4）腹泻。 2020年3月20日 斯坦福大学 斯坦福大学多个学院的科研人员在ChemRxiv预印本平台发表题为“Homology Modeling of TMPRSS2 Yields Candidate Drugs That May Inhibit Entry of SARS-CoV-2 into Human Cells”的文章。 文章提出，发现新型冠状病毒SARS-CoV-2的治疗方案的最快途径是寻找对这种病毒有效的现有药物。作者专注于确定跨膜丝氨酸蛋白酶家族成员II（TMPRSS2）的再利用候选药物，它对冠状病毒进入细胞至关重要。使用已知的紧密同源物的3D结构，作者建立了七个同源性模型。同时还确定了一组丝氨酸蛋白酶抑制剂药物，每种药物都产生了几种构象，并将它们对接到模型中。作者在MERS中使用了三种已知的化学（非药物）抑制剂和一种经验证的TMPRSS2抑制剂作为基准化合物，并在已知抑制剂范围内发现了六种预测具有高结合亲和力的化合物。作者发现，以前发布的弱抑制剂Camostat的结合评分明显低于这六种化合物。所有这六种化合物均为抗凝剂，具有明显的和潜在的临床危害与副作用。但是，如果这些化合物能显著抑制SARS-CoV-2感染，它们则可能成为一种潜在的有效临床工具。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 原文链接： 2020年3月20日 印度理工学院、印度兽医研究所 印度理工学院和印度兽医研究所的科研人员在ChemRxiv预印本平台发表题为“Identification of SARS-CoV-2 Cell Entry Inhibitors by Drug Repurposing Using in Silico Structure-Based Virtual Screening Approach”的文章。 文章指出，SARS-CoV-2通过病毒表面S蛋白与血管紧张素转化酶2（ACE2）结合进入宿主细胞。病毒特异性分子与宿主细胞的相互作用，是一个有希望识别SARS-CoV-2抗病毒药物的治疗靶标。药物再利用可以为指数增长的COVID-19提供快速而潜在的治疗方法。迄今为止，高通量虚拟筛选方法用于研究FDA批准的针对S蛋白和ACE2宿主细胞受体的LOPAC文库药物。初步筛选为这两个靶标确定了一些有希望的药物，并通过其结合能、分子对接的结合方式、动力学和仿真等对它们进行了详细分析。研究发现，Eptifibatide acetate、TNP、GNF5、 GR 127935 hydrochloride hydrate 和 RS504393与ACE2受体的病毒结合基序结合。此外，鉴定出KT185、KT203 GSK1838705A、BMS195614和RS504393在病毒S蛋白的受体结合位点结合。这些鉴定出的药物分子不仅可能抑制进入阶段的病毒，而且还可以作为消炎药来减轻肺部损伤，从而有效控制SARS-COV-2的快速传播。及时识别和确定一种有效的药物，以此来应对COVID-19全球危机是最迫切的需要。此外，有必要及时进行体内试验以验证这些药物对SARS-COV-2的抑制作用，从而挽救更多的生命。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 原文链接： 2020年3月19日 德克萨斯大学西南医学中心 德克萨斯大学西南医学中心多个科室的科研人员在ChemRxiv预印本平台发表题为“Identification of FDA Approved Drugs Targeting COVID-19 Virus by Structure-Based Drug Repositioning”的文章。 研究人员采用一种重新定位的方法，利用计算机分子模型筛选技术，使用经FDA批准并对COVID-19病毒具有潜在抑制作用的药物来展开研究。研究人员从基于结构的药物设计开始，筛选了2000多种FDA批准的可能靶向COVID-19病毒主要蛋白酶（Mpro）底物结合的药物，以根据其结合能、结合方式、相互作用的氨基酸和治疗指征来确定潜在的靶点。此外，文章阐明了与COVID-19病毒Mpro底物结合口袋结合的候选药物的初步药效基团特征。热门药物包括抗病毒药物，如Darunavir、Nelfinavir和Saquinavir，其中一些已经在COVID-19患者中进行了测试，筛选中最有希望的药物之一是高胆固醇血症药物Rosuvastatin。文章指出这些结果不能证实或表明抗病毒活性，但是可以用作进一步进行体外和体内测试的起点。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。 原文链接：
